Xuất phát từ Hội Thánh Tin Lành Đông Pháp năm 1927 và Hội Thánh Tin Lành Việt Nam năm 1945, tới năm 1954 sau hiệp định Genève, 1954, phần lớn các giáo sĩ và tín đồ Tin Lành di cư vào miền Nam nên tổ chức giáo hội ở phía nam được xem là sự tiếp nối của Hội Thánh Tin Lành Việt Nam cũ.

Sau năm 1954, tại miền Bắc chỉ còn lại khoảng 10 mục sư, truyền đạo và khoảng 1000 tín đồ, tới năm 1958 khi sự thống nhất hai miền không diễn ra như dự định, các giáo sĩ, tín đồ ở miền Bắc đã lập ra giáo hội riêng với tên gọi là Hội Thánh Tin Lành Việt Nam (miền Bắc) do mục sư Dương Tự Ấp làm Hội trưởng, trụ sở đặt tại số 2 Ngõ Trạm, Hà Nội.

Tại miền Nam, với đại đa số giáo sĩ, tín đồ có mặt ở đây, hội Thánh Tin Lành Việt Nam tiếp tục hoạt động tại các tỉnh thành miền Nam, trong thời kỳ đầu do quan điểm ủng hộ Công giáo của chính quyền Ngô Đình Diệm nên Tin Lành khó phát triển, tuy nhiên sau khi Ngô Đình Diệm bị lật đổ và quân đội Mỹ vào miền Nam, đạo Tin Lành và Hội Thánh có nhiều điều kiện phát triển.

Với sự hỗ trợ đầu tư của Hội truyền giáo C&MA, Hội Thánh đã tập trung cho việc truyền giáo từ đồng bằng lên miền núi, từ thành thị đến nông thôn và đối với cả các dân tộc thiểu số ở Tây Nguyên.

Cùng với hoạt động truyền đạo, Hội Thánh còn chú trọng đến các hoạt động từ thiện xã hội, năm 1957 thành lập Ủy ban cứu tế, năm 1959 xây dựng Bệnh viện Tin Lành Đà Lạt, năm 1960 xây dựng bệnh viện Tin Lành Pleiku và Chẩn Y viện Nha Trang,...

Về tổ chức, với sự tiếp nối Hội Thánh Tin Lành Việt Nam từ năm 1945 nên hội Thánh có ba cấp là Tổng liên hội, địa hạt và chi hội. Từ sau năm 1975, tổ chức thành 5 địa hạt.

Tại đại hội năm 2000, Đại hội đồng quyết định bỏ cấp địa hạt và chỉ còn 2 cấp hành chính là Tổng liên hội và Chi hội, tính đến nay Hội Thánh có 1.059 chi hội hoạt động tại 32 tỉnh, thành phố phía nam và Ban trị sự Tổng liên hội với 23 mục sư, truyền đạo với Hội trưởng đứng đầu.[2]

Hội Thánh Tin Lành Việt Nam được chính phủ Việt Nam công nhận có tư cách pháp nhân vào ngày 3 tháng 4 năm 2001.[3]